Alpakas werden normalerweise einmal pro Jahr geschoren, manchmal jedoch seltener – abhängig von der Gesundheit des Tieres, dem Faserwachstum sowie dem Klima, in dem sie leben.^10-12
Während des Scherprozesses werden sie typischerweise auf den Boden gedrückt und mit Seilen und/oder von Menschen fixiert.¹³ Da Alpakas Fluchttiere mit starkem Fluchtinstinkt sind und zudem sehr distanzierte Tiere, die Abstand benötigen, erleiden sie während des Scherens erheblichen Stress – insbesondere, wenn keine positive Mensch-Tier-Beziehung besteht.^5,6,14,15
Aufgrund ihrer Haltungsbedingungen haben sie meist nur minimalen oder sogar ausschliesslich negativen Kontakt zu Menschen. Dies erhöht nicht nur ihren Stress während des Scherprozesses, sondern kann auch körperliche Schmerzen und Verletzungen verursachen, wenn sie versuchen zu entkommen.^13-16 Scherer arbeiten oft unter Zeitdruck und manchmal unachtsam, wodurch Alpakas Schnittverletzungen und andere Verletzungen erleiden können.

Wie bei vielen anderen Tierarten sind auch Alpakas schmerzhaften Verstümmelungen wie Kastration, Ohrmarkierung sowie dem Entfernen oder Kürzen der Zähne ausgesetzt – oft ohne Betäubung oder ausreichende Schmerzbehandlung:

• Männliche Alpakas werden häufig kastriert, um aggressives Verhalten zu kontrollieren, die Fortpflanzung zu verhindern oder sie leichter handhabbar zu machen.¹⁰
  Da dieser Eingriff oft in jungem Alter (vor 18–24 Monaten) erfolgt, kann er die körperliche Entwicklung beeinträchtigen und zu Gelenk- oder Skelettproblemen führen. Schmerzen und Stress treten auf, wenn der Eingriff nicht mit angemessener Anästhesie, Analgesie und Nachsorge durchgeführt wird.^17,18
• Die sogenannten «Kampfzähne» männlicher Alpakas werden üblicherweise mit einem chirurgischen Draht abgeschnitten¹⁰, um Verletzungen anderer Tiere bei Kämpfen zu verhindern. Zusätzlich werden oft überwachsene Schneidezähne abgeschliffen. Werden diese Eingriffe jedoch ohne ausreichende Betäubung oder Schmerzmittel durchgeführt, können sie erhebliche Schmerzen und Stress verursachen. Bei unsachgemässer Durchführung können zudem die Zähne beschädigt werden, was zu Zahnwurzelabszessen und/oder Fütterungsproblemen führen kann. Solche Eingriffe sollten daher nur bei medizinischer Notwendigkeit und ausschliesslich von einem Tierarzt durchgeführt werden.^19,20

• Die meisten Alpakas werden in den abgelegenen Hochlandregionen Perus gehalten, wo Kleinbauern den Grossteil der Züchter ausmachen. Ein Grossteil dieser Familien lebt unterhalb der Armutsgrenze und kann daher in der Regel keine angemessene medizinische Versorgung für die Tiere bereitstellen oder deren Futter in der Trockenzeit ergänzen, wenn nicht genügend Weideflächen vorhanden sind.^21,22
• Unzureichende Unterkünfte: Schlecht konzipierte oder belüftete Unterstände können zu Temperaturstress (zu heiss oder zu kalt) und Atemwegsproblemen führen, was die Gesundheit der Alpakas beeinträchtigt.
• Überbelegung: Zu wenig Platz kann Stress, Aggression und gesundheitliche Probleme verursachen, da Alpakas Raum für Bewegung und soziale Interaktion benötigen.
• Mangelnde soziale Interaktion: Umgekehrt kann die Isolation von Alpakas oder das Halten in kleinen Gruppen zu Einsamkeit, Stress und Verhaltensproblemen führen, da sie sehr soziale Tiere sind und in Gruppen gehalten werden müssen. Die Isolation eines Alpakas oder das Alleinhalten über längere Zeit kann zu starkem Stress, Depressionen und Verhaltensauffälligkeiten wie Umherwandern oder übermässigem Lautgeben führen.¹⁰
• In einigen kommerziellen Betrieben werden Alpakas in kleinen Gruppen oder sogar isoliert für Zucht- oder Managementzwecke gehalten, was ihr Wohlergehen erheblich beeinträchtigen kann.
• Fehlerhafte Fütterung kann zu Gesundheitsproblemen führen, insbesondere wenn die Ernährung nicht genügend Raufutter zur Unterstützung der Verdauung enthält. Sie benötigen zusätzliches Futter bei kalten oder schlecht geschützten Bedingungen.^23,24 Aufgrund einer ausgeprägten sozialen Hierarchie meiden rangniedere Alpakas oft das Fressen oder Trinken in der Nähe dominanter Tiere, was das Risiko von Mangelernährung und Dehydrierung erhöht. Ausreichend Platz sowie mehrere Futter- und Wasserstellen helfen, Stress zu reduzieren und sicherzustellen, dass alle Tiere Zugang zu Nahrung und Wasser haben.¹⁰

• Verschiedene Missstände sind beim Transport von Tieren bekannt, wie etwa Dehydrierung aufgrund fehlender Wasserversorgung, Krankheiten und Verletzungen durch ungeeignete Fixierungen (z. B. das «Chukkering» der Tiere).¹⁰
• Die Tiere werden oft ohne vorherige Betäubung geschlachtet, nachdem sie während des stressigen Prozesses eine weitere negative Mensch-Tier-Interaktion durch grobe Handhabung erfahren haben.